同じドメインを使用しているため、WPかMTか、どちらかしか使えません。
ややこしいのでMTは削除してしまったほうがいいかもしれません。
ちょっと専門的なお話になるのですが・・・
WPはHTMLではなく、PHPでサイトを作成しています。
PHPはデーターベース上に記事を書いていきます。
サイトに表示するときはそれを呼び出してきてHTMLに書き直して表示します。
なのでPHPを呼び出してきてそれをHTMLに書き直す作業が必要で、直接HTMLを表示するよりも時間がかかります。
MTも同じくPHPを利用しているのですが、ページを編集したあとに「再構築する」のボタンを押しますよね。
それによってHTMLに書き直してからサイトにアップさせています。
なのでサイトの表示が速いのです。
サーバー上のファイル名がMTは・・・・.html、WPは・・・・.phpというかんじになります。
2つ同じファイルがある場合、htmlを優先的に表示します。
なのでMTが優先的に表示されます。
2つ同じ内容のサイトがあるとgoogleからぺナルティを受けてしまい、検索で表示されなくなる危険性が非常に高まります。